Organizmaya girdiğinde bağışıklık sistemi hücrelerinde antikor (*) üretimini uyaran maddeler. Üretilen antikorlar antijenlerle tepkimeye girer. Bir maddenin bu etkinliği göstermesi için, organizmaya yabancı olması gerekir; bağışıklık sistemi organizmanın kendi yapısındaki maddelere karşı tepki vermez. Antijenler molekül ağırlığı yüksek, karmaşık maddelerdir; protein yapısındaki moleküllerin büyük bölümü, bazı polisakaritler (örneğin bakterilerin kapsülünde, hücre zarlarında bulunanlar), bazı lipitler, nükleik asitler ve polipeptit yapısında ki yapay maddeler bu gruba girer. Karmaşık yapıda olmayan bazı moleküller kendi başlanna antijen özelliği göstermez, ama protein yapısındaki bazı moleküllerle birleştiklerinde bu özelliği kazanır. Bunlara haptsn ya da eksik antijen adı verilir. Antijenler ve haptenler organizmaya çeşitli yollardan girebilir. Deri, solunum ya da sindirim sistemi mukozası, solunan hava, besinler gibi doğal yolların yanı sıra aşılama, kan ve organ nakilleri gibi yapay yollarla da vücuda girebilirler.